本体は通販サイトで買ってもいい？

一般的にオープンマーケット版（俗に言うSIMフリー用として一般の家電ルートで販売される端末）はインストールされているアプリが少なくて、メールや電話会社の管理アプリは入ってません。mineoはオープンマーケット版を販売しています。

ワイモバイルや楽天モバイルなど電話会社が販売する端末はその電話会社の管理アプリが入ってたり、電話会社固有のメールアプリが入ってたりします。
それらはmineoでは使わないので無視して結構です。
不要なアプリは干渉することがあるのでアンインストールすると良いです。
特にSMSなどの取り扱いで難があったりします。
Googleのメッセージアプリや＋メッセージアプリなどで代替えできます。

また、一部の電話会社向けの端末（特にソフトバンクやワイモバイル）ではSIMスロットの数が減らされてたりしますのでご注意ください。

また、楽天モバイル向けの場合、ファームウェアの更新頻度がオープンマーケット向けと違うことがあります。

それらに問題がなければ安いほうで買うのがお得です。