家族割引の主回線と副回線で何か不都合は？

キャリアによっては、主回線の料金から値引き、、、とか差があったかと思いますが、mineoでは基本的には、主回線・副回線どちらもグループとしては同じ扱いです。

デメリットと言うほどではないですが、
今後、ご家族で2回線以上になった際、主回線が何かの事情で解約、となった場合、再度家族割のために主回線と副回線を選定し、手続きが必要になります。
これが、副回線の解約であれば、1回線減っただけ、という扱いですね。

サポートの「家族割引変更」の項目にも記載があります。↓↓
○ 主回線を解約すると、家族割引も解約となります。（残りの回線で引き続き家族割引をご利用いただくためには、改めてお申し込みが必要です。）

現状、ご夫婦で使うのであれば、「主回線の人が手続きをする人」、程度の差だと思われます。