サブ機　ライン

》この場合、XRにラインをDLしなければ、iPhone13miniでのライン使用に影響はありませんか？
→その通りです
で、その前に双方のiPhoneで自動インストールをオフにしてください。
・「設定」＞「App Store」の順に選択
・自動ダウンロードの「Appダウンロード」をオフ（緑から白）にする
これで、1台の端末でアプリを購入しても、ほかの端末に自動でインストールされる事はなくなります。あと、「iCloudを利用しているApp」は利用しているアプリ以外は必ずオフにしてください。

その他、メリット注意点については以下をご覧ください。
》同じApple IDでiPhoneとiPadを利用するメリットと同期しない方法
https://okonomi-konomi.com/ipad_appleid

Apple端末は連携が便利です。
私もiPhone13、iPad、予備のiPhone13miniを同じApple IDで利用しています。Handoff も是非試してみてください。詳細は以下で。
https://support.apple.com/ja-jp/102430