auのiPhone7使用でマイネオのアドレスではなく、Cloudのアドレスを主に使いたい

めめめ212121 さん、お早うございます。

>>マイネオにしたあとも、マイネオアドレスを使わず、iCloudのアドレスを使ってメールをし続けてもいいのでしょうか？

メインのメアドがiCloudのアドレスであれば、そのまま利用してください。マイネオアドレスはサブアドレスとして、mineoからの受信専用として利用された方が良いかと思います。
mineoとの契約を解約すると、マイネオアドレスは利用できなくなりますので！