Ubuntuでの入力時のホップアップを非表示にする方法はございますでしょうか。

多分、これと同じ感じなのでは？と思えます。
参考になるかどうかは分かりませんが、設定などを見てみると改善する可能性があるかもしれません。


ubuntu18.04でのIMEの切り替えが遅延する問題について
https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?id=20241
2018-12-12

全角半角キーで入力切り替えを行う度に、画面中央に２つの入力モード(「あ　日本語 (Mozc)」「ja　日本語」)を選択するための四角形が表示され、これが消えるまでの約2秒間、入力が遮断されるようになってしまいました。