電話アプリで発信すると自動でマイネオ電話からかける設定

iPhoneでしょうか？
iPhoneでは、そのような設定は過去にもありませんでした。

Androidの場合だと、旧バージョンのアプリを探してくれば、標準のアプリでもプレフィックス番号を付与できる機能があります。
詳しくありませんが、最新OSだと使えない可能性はあるでしょう。