プリインストール

アンインストールして面倒が出るのは初期のメールソフトくらいだとおもいます。自分の場合は使ってないのに「問題が発生したのでメールを停止しました」という警告が時々出てわずらわしかったです。
他のauアプリはそもそもmineoでサービスは受けられないので入れておく必要はないですし、不具合はありません。
rootアンインストーラーというアプリで削除ではなく[凍結]をすれば、必要を感じたときに解凍して復帰させられます。上で述べたメールも凍結をして不具合がおきたので解凍しました。
見た目は削除と同じで、アプリ一覧に表示される事もないのでスッキリします。

他の方が言う停止ではアプリ一覧に沢山auアプリが表示されるのと、イチイチアップデートの報告がくるという煩わしさは残ります。
また、root化すると壊れるというのは、内部をいじるから間違った方法をするとそういうリスクもあるというだけで、殆どの場合は手順を間違ってもroot化できないというだけで、検索して他の方がroot化で成功している方法を同じ端末で行えば問題はおきません。
ただ、不安であればやめた方がよいのは間違いないでしょう。