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最新のiOSにアップデートすると 「サファリ」の設定の「自動入力」の「ユーザー名とパスワード」がオフになる様なので確認してみてください。オンに...
▽を押したら自動入力じゃなくて ▽を押したらIDが出るのでIDをタップしたら自動入力になります。
IDの入力部分をタップすると「パスワード」が出ますので▽をタップすると自動入力されます。